Compilando R no Linux

Impressionante a falta do que fazer… Mesmo com as vantagens de se utilizar gerenciados de pacotes como Synaptic ou PackageKit ou Yast2, entre outros. Existem algumas coisas que valem a pena ser realizadas, ou por aprendizado ou pela flexibilidade oferecida, a compilação é uma delas.

Mostro minhas anotações para compilação do R, um grande ambiente estatístico que utilizo em meu dia-a-dia na consultoria de estatística.

Importante: não se esqueçam de verificar se os programas para compilação estão devidamente instalados, muitos erros no processo de compilação ocorrem devido à falta de algumas dependências!!! Caso estes ocorram veja o nome do erro ou do que está faltando e procure por um pacote com nome similar. Exemplo: o script configure vem configurado por default com a opção --with-readline. Caso haja alguma problema com ele, haverá um erro relacionado à esta opção, neste caso verifique se sua instalação possui as bibliotecas relacionadas (pode-se utilizar os comandos dpkg -l | grep readline ou rpm -qa | grep readline

  1. Baixe em seu computador o arquivo tar.gz do ambiente estatístico.
  2. Descompacte-o ($ tar -xzf R-x.x.x.tar.gz).
  3. Entre no diretório criado no passo anterior ($ cd R-x.x.x/).
  4. Entre no diretório tools e execute o script $ rsync-recommended.
  5. Retorne ao diretório raiz e execute o $ ./configure, lembre-se que agora é o momento de definir como sua instalação do R será configurada, em geral, habilito de antemão a opção –enable-R-shlib que me permite criar uma biblioteca compartilhada do R (para habilitar esta opção digite $ ./configure --enable-R-shlib.
  6. Após executar o $./configure podemos partir para o comando $ make e, com direitos administrativos, também executamos o comando # make install.
  7. Para que possamos nos valer da biblioteca compartilhada (shared), também devemos executar o comando # make install-libR.

Para facilitar o processo de atualização, vale a pena definir um grupo que tenha acesso de escrita no diretório onde se encontra o R (em meu caso /usr/local/lib/R/). Para tal, executaremos os comandos abaixo (como root):

  • groupadd desenvolvimento (lembre-se que o nome do grupo pode ser qualquer um).
  • usermod -a -G desenvolvimento {nomeUsuario} (onde {nomeUsuario} é o seu nome de usuário).
  • cd R_HOME
  • chmod -R 775 R_HOME (onde R_HOME é o local onde está instalado o R).

Agora temos uma instalação perfeita do R em nosso computador, com os pacotes recomendados.

~ por joaodubas em 17/04/2009.

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